Στα βάθη του εικοστού πρώτου αιώνα, η γραμμή μεταξύ ανθρώπου και μηχανής έχει θολώσει, καθώς οι άνθρωποι βασίζονται στην ενίσχυση μηχανικών εμφυτευμάτων και τα ρομπότ αναβαθμίζονται με ανθρώπινο ιστό. Σε αυτό το ταχέως συγκλίνον τοπίο, η κυβερνο-υπεργολάβος Ταγματάρχης Motoko Kusanagi έχει αναλάβει να εντοπίσει τους πιο επιδέξιους και επικίνδυνους τρομοκράτες και κυβερνοεγκληματίες, συμπεριλαμβανομένων των «φανταστικών χάκερ» που είναι ικανοί να εκμεταλλευτούν τη διεπαφή ανθρώπου/μηχανής και να επαναπρογραμματίσουν τους ανθρώπους ώστε να γίνουν μαριονέτες για να πραγματοποιήσουν τους εγκληματικούς σκοπούς των χάκερ.
Υπερβαίνοντας εν μέρει τον φυσικό κόσμο και υπάρχοντας σε έναν εικονικό κόσμο δικτύων, η Motoko είναι μια σύντηξη πολλαπλών οντοτήτων και ταυτοτήτων, αναπτύσσοντας τηλεχειριζόμενα προσθετικά ανθρωποειδή υποκατάστατα σε όλο τον κόσμο για να διερευνήσει μια σειρά από παράξενα περιστατικά. Εν τω μεταξύ, ο Tamaki Tamai, ένας ψυχικός ντετέκτιβ από την Υπηρεσία Channeling, έχει ανατεθεί να εξερευνήσει παράξενες αλλαγές στο χρονικό σύμπαν που προκαλούνται από δύο δυνάμεις, η μία εκπροσωπείται από τις διδασκαλίες ενός καθηγητή ονόματι Rahampol, και η άλλη από την πολύπλοκη, εξελισσόμενη οντότητα Motoko.
Ό,τι ξεδιπλωθεί θα είναι αποτέλεσμα μιας εργάσιμης ημέρας. Mιας ημέρας που θα αλλάξει τα πάντα, για πάντα.
