Η ανθρωπότητα, κάποτε ένας τεχνολογικά προηγμένος και ακμάζων πολιτισμός, έχει φτάσει στο χείλος της εξαφάνισης μετά από έναν κατακλυσμιαίο πόλεμο γνωστό ως οι Επτά Ημέρες της Φωτιάς. Τα απομεινάρια της ανθρώπινης φυλής ζουν τώρα σε διάσπαρτα βασίλεια για να αποφύγουν την αδιάκοπη εξάπλωση της Θάλασσας της Διαφθοράς, ενός κολοσσιαίου δάσους μολυσμένου με επικίνδυνα μεταλλαγμένα έντομα και μύκητες που παράγουν δηλητηριώδεις σπόρους.
Η Nausicaä, η μοναδική κληρονόμος του θρόνου του γεωργικού βασιλείου της Κοιλάδας του Ανέμου, ωθείται σε πόλεμο μετά την εισβολή ενός συμμαχικού βασιλείου, του ιμπεριαλιστή Torumekia, στην Αυτοκρατορία Dorok. Αναγκασμένη να πολεμήσει στο πλευρό του στρατού του Torumekia και της πονηρής πριγκίπισσάς τους Kushana, η Nausicaä γίνεται μάρτυρας από πρώτο χέρι των φρικαλεοτήτων του πολέμου και των επιπτώσεών του τόσο στην ανθρωπότητα όσο και στο περιβάλλον. Με το παράξενο χάρισμα και την ευγενική της φύση, η Nausicaä ίσως είναι η μόνη ελπίδα για την ανθρωπότητα, καθώς ο συνεχιζόμενος πόλεμος και η Θάλασσα της Διαφθοράς επιταχύνουν την εξαφάνιση της ανθρωπότητας.
